1.农业部长江中游作物生理生态与耕作重点实验室以华中农业大学植物科技学院为依托单位，业务上接受学院和学校的二级管理和协调。在实验室的建设、运行和联合协作上接受农业部、农业部作物生理生态与耕作重点实验室的指导和检查。

2.实验室实行主任负责制。主任从实验室固定研究人员中产生，由依托单位聘任，每届任期五年，负责实验室全面工作。实验室主任可以根据工作需要，提名并报请依托单位聘任学术、行政副主任协助其工作。实验室正、副主任和主要学术带头人组成实验室务管理委员会，参与实验室日常管理，在依托单位领导下全面负责组织领导实验室的科学研究、学术活动、人员聘任、财务开支、日常管理等工作。